コミックマーケット準備会は11月12日、「新コミックマーケット99」を12月30・31日の２日間、東京ビッグサイトで開催することを発表した。新型コロナワクチンの接種証明の提示のほか、会場を２つの区画に分けて管理するなど、新型コロナウイルスの感染拡大防止対策の方針の一部が明らかとなった。
約２年ぶりの開催となる今回は約１万のサークルの参加、来場者数は一日当たり５万5000人の来場を見込む。来場者は従来よりも大幅に縮小するものの、主催者は「2021年で国内最大級のイベントとなる。コロナ禍におけるイベント開催を取り巻く状況をふまえ、通常求められる以上の対策・対応を自主的に取っていく」と表明。
感染拡大防止対策では政府の「ワクチン・検査パッケージ」を導入し、技術実証にも参加する。予防接種済証、新型コロナワクチンの接種証明書または接種記録書、PCR検査結果証明などを使った確認も行い、検温とワクチン・検査パッケージの確認結果として、リストバンドを配布する。
会場は東京ビッグサイト東・西・南展示棟で展開。密の発生を避けるため、会場を「東地区(東展示棟)」「西南地区(会議棟・西展示棟・南展示棟)」の２つに分割。開場１時間前の９:00から両地区間を結ぶブリッジを閉鎖するためサークル参加者は地区間の移動ができなくなる。一般参加・コスプレに必要なチケットも地区単位で販売し、地区ごとのリストバンド型参加証と引き換える。参加証と異なる地区への入場は原則できないとしているが、入場後の東地区と西南地区の移動については、今後及び当日の両地区の混雑状況によって変更となる可能性があるとしている。
一般参加チケットは「一般入場チケット」よりも早く入場できる「アーリー入場チケット」を販売。チケットは事前販売のみとし、当日販売は行わない。今回、コミケでは東京ビッグサイトのガイドラインをもとに会場内や待機列の混雑度から１日当たりの総参加者数の上限を定めており、申込数が販売予定数を超えた場合は抽選となる。チケット非保持者が入場できるフリー入場も行わない。
そのほかコスプレ参加者向けの更衣室は、更衣室での密回避のために抽選・時間指定の入替制をとる。感染防止対策については今後も告知を予定している。
コミケは通常年２回開催しており、昨年の５月に予定していたコミケ98は中止、コミケ99も昨年12月の開催を見送り、今年５月には開催（旧コミケ99）を目指していたがが延期となっていた。
